La Sala de Reconocimiento lo halló como uno de los máximos responsables por ejecuciones extrajudiciales cuando se desempeñó como comandante de la Cuarta Brigada.
La Sala de Reconocimiento de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) imputó por falsos positivos en el departamento de Antioquia, al general (r) Mario Montoya, en su calidad de excomandante de la Cuarta Brigada de la institución.
La determinación se produjo al ser encontrado, para la Sala, como uno de los máximos responsables por ese fenómeno criminal entre los años 2002 y 2003 cuando estuvo al frente de la Brigada.
También serán imputados otros máximos responsables entre los que se encuentran excomandantes de batallones adscritos a esa brigada, como exmandos del Batallón Pedro Justo Berrío, Batallón BAJES, Batallón Juan del Corral y otros.
El general (r) Mario Montoya, quien es imputado por esos crímenes, fue ampliamente mencionado por varios de sus subalternos en Antioquia, quienes lo acusaron de exigir “carrotancados de sangre” o de decir que los bandidos podían ser encontrados en “taxis”.